Το Ναυτικό Μουσείο Κρήτης στεγάζεται στο ενετικό φρούριο Φιρκά, που τοποθετείται στην είσοδο του λιμανιού των Χανίων. Αυτή η θέση έχει μια ιστορική σημασία, γιατί Δεκεμβρίου, 1η, 1913, η ελληνική σημαία υψώθηκε εκεί και σηματοδότησε την ένωση της Κρήτης με το ελληνικό κράτος. Η αρχική ιδέα πίσω από το μουσείο ήταν να δημιουργηθεί μια θέση που θα απεικονίζουν την ελληνική ναυτική παράδοση και ιδιαίτερα την ναυτική ιστορία της Κρήτης. Πράγματι, ένα τέτοιο μουσείο ιδρύθηκε το Μάιο του 1973 από Αντιναυάρχου Α. Γιαννόπουλος, ο οποίος υπηρετούσε ως Διοικητής Admiral στα Χανιά. Η ίδρυση και λειτουργία αυτού του μουσείου είχε την υποστήριξη πολλών αξιωματικών του στρατού και διακεκριμένους πολίτες της Κρήτης.